Ende der 1920er Jahre galt Eintracht in Frankfurt als „Judenverein“. Das lag vor allem an den engen Beziehungen zur Firma J. & C.A. Schneider, deren Inhaber jüdischen Glaubens waren.
Der Mann, der die Eintracht führte, ohne auf dem Stuhl des Präsidenten zu sitzen, hieß Walter Neumann. Er besaß eine unbändige Lebenslust, aber sobald es um den Verein ging, wurde es bei ihm ernst.
Die Eintracht 1949 über Walter Neumann, einer der Firmeninhaber
Hugo Reiss, Prokurist der Firma J. & C.A. Schneider, war gleichzeitig Schatzmeister des Vereins. Juden traten bei der Eintracht als Sportler, passive Mitglieder oder Funktionäre in Erscheinung. Das war im deutschen Sport keine Besonderheit, der lokale Rivale FSV Frankfurt hatte mit Dr. Rothschild beispielsweise einen Präsidenten, der jüdischen Glaubens war.
Doch mit der Machtübernahme der Nationalsozialisten am 30. Januar 1933 änderte sich schnell auch das Vereinsleben bei der Eintracht. Der Verein, der seit seiner Gründung in der Satzung stets verankert hatte, dass er „gesellschaftlich und konfessionell auf streng neutralem Boden“ steht, wurde gleichgeschaltet. Bereits im Frühjahr 1933 mussten „Personen, die jüdischen Glaubens waren oder in der marxistischen Bewegung aktiv waren“, ihre Posten in führenden Positionen der Vereine räumen. Bei der Eintracht betraf das neben Hugo Reiss auch Dr. Paul Blüthenthal, Dr. Fritz Cahen-Brach und noch weitere. Blüthenthal war zeitweise im Vorstand der Leichtathletikabteilung, Dr. Cahen-Brach war im Abteilungsvorstand der Boxer des Vereins.
Der Verein übernahm das Führerprinzip, Egon Graf von Beroldingen, bereits seit 1927 Vorsitzender des Vereins, arbeitete auch unter den Nationalsozialisten weiter. Nach seinem überraschenden Tod im Oktober 1933 übernahm Hans Söhngen das Amt des „Vereinsführers“. Söhngen, der 1934 zum SA-Sturmführer befördert wurde, war ab 1935 auch Stadtturnrat.
Ab 1936 führten Gerüchte über Affären und Vetternwirtschaft zu Ermittlungen der SA-Gruppe Hessen. Söhngen wurde aus der SA ausgeschlossen und musste auch sein Amt bei der Eintracht niederlegen. 1939 wurden Rudolf Gramlich und Adolf Metzner Vereinsführer, beide waren bei der SS. In Kriegszeiten wurde die Eintracht von 1942 bis 1945 kommissarisch von Anton Gentil geleitet. Im Jahr 2020 hat das Fritz Bauer Institut auf Anregung der Eintracht eine wissenschaftliche Arbeit zu den Vereinsführern der Eintracht im Nationalsozialismus veröffentlicht. Als Konsequenz aus den Erkenntnissen hat der Verein Rudolf Gramlich im gleichen Jahr die Ehrenpräsidentschaft posthum aberkannt.
Die Politisierung des Sports wurde von den Nationalsozialisten vorangetrieben und auch die Eintracht beteiligte sich daran. Jugendliche wurden aufgefordert, Mitglied der HJ zu werden. Ab 1937 wurde der gesamte Jugendsport von der Hitlerjugend organisiert, auch die Trainer und Abteilungsleiter mussten Mitglied in der Jugendorganisation der NSDAP sein. Jüdische Vereinsmitglieder wurden an den Rand gedrängt.
Ab 1937 wurde auf Vereinsanmeldungen nach „arischer Abstammung“ gefragt, ab 1940 hatte die Eintracht einen „Arierparagraphen“ in der Satzung. Der letzte jüdische Sportler, der bei der Eintracht bekannt ist, war Julius Lehmann. Er reiste zuletzt im Juni 1937 mit der dritten Mannschaft der Eintracht zu zwei Freundschaftsspielen in den Vogelsberg. Im gleichen Jahr musste er den Verein verlassen. Julius Lehmann wurde 1942 aus Frankfurt vermutlich nach Izbica deportiert und ermordet. Mit dem Projekt „50 Eintrachtler“ dokumentiert das Eintracht Frankfurt Museum Lebensläufe verfolgter Vereinsmitglieder, seit 2008 gibt es jährliche Stolpersteinverlegungen für Eintrachtler.
Die Fußballer der Eintracht versanken in der Zeit des Nationalsozialismus im Mittelmaß. 1933 erreichte die Eintracht das Halbfinale um die Deutsche Meisterschaft, 1938 dann als Meister der Gauliga Südwest die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft, wo man sich dem HSV geschlagen geben musste. Erfolge zu feiern gab es in der Leichtathletik und im Frauenhandball: Bei den Olympischen Spielen in Berlin gewann Tilly Fleischer die Goldmedaille im Speerwurf und die Handballdamen feierten 1943 in Magdeburg den Gewinn der Deutschen Meisterschaft. Eine Siegesfeier am Riederwald gab es nicht mehr. Kurz nach dem Titelgewinn wurde das Vereinsgelände am Ratsweg bei den Oktoberangriffen auf Frankfurt von mehreren Sprengbomben getroffen und zerstört. Die Eintracht war heimatlos.
